发酵秸秆做肥料使用，需要准备合适的发酵剂，比如好旺农有机肥发酵剂，就是专门发酵有机肥料使用的，用来腐熟秸秆的效果是非常好的，不论是玉米秸秆，高粱秸秆，还是小麦秸秆，包括树藤，花生秧都可以发酵制作有机肥使用。
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一、场地的选择。制肥场地应选择地势平坦，靠近水源的背风向阳处，一年四季均可露天制作。
二、材料的准备(以1吨干秸秆为例)。
①作物秸秆1000公斤。
②饼粉20公斤。花生饼、豆饼、棉籽饼、菜籽饼等均可，无饼粉可用10公斤尿素代替。
③好旺农秸秆发酵剂1公斤。
三、制作方法。
①把作物秸秆(如玉米秆)用粉碎机粉碎或用铡草机切断，一般长度以1～3厘米为宜(麦秸、稻草、树叶、杂草、花生秧、豆秸等可直接使用发酵，但粉碎后发酵效果更佳)。
②把粉碎或切断后的秸秆用水浇湿、渗透，秸秆含水量一般掌握在70%左右。
③用20公斤饼粉同1公斤菌种拌匀，用手均匀地把拌有菌种的饼粉撒在用水浇过的秸秆表面。用铁锹等工具翻拌一遍，堆成宽2米、高1.5米、长度不限的长条，用塑料布盖严即可。
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四、腐化过程。
①升温阶段：从常温升到50℃，一般只需一天。
②高温阶段：从50～70℃一般只需2天。
③降温阶段：从高温度降到50℃以下，一般10天左右，此时秸秆制肥过程基本完成，肥料可直接施用。
五、腐熟标志。
⑴秸秆变成褐色或黑褐色，湿时用手握之柔软有弹性，干时很脆容易破碎。
⑵腐熟后堆体比刚堆时塌陷1/3或1/2。
六、施用方法。
⑴秸秆肥一般用作基肥，可潮湿施用。做追肥应覆土。半腐熟的肥料施用于生长期较长的作物，腐熟度高的秸秆肥施用于生长期较短的瓜果蔬菜等作物，沙性地用半腐熟的肥料，黏土地最好施用腐熟度高的肥料。
⑵秸秆肥中有机质十分丰富，氮、磷、钾养分较为均衡，还含有各种微量元素，是各种作物、各种土壤都适宜的常用肥料，具有提高产品品质、增加产量的显著效果。
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